استدعت تركيا، سفيرها في الفاتيكان للتشاور معه وسط الخلاف الدبلوماسي المتصاعد بعد استخدام البابا لكلمة إبادة لوصف المجازر التي راح ضحيتها مئات آلاف الأرمن في عهد السلطنة العثمانية إبان الحرب العالمية الأولى، وقالت إنه لا يمت للوقائع القانونية والتاريخية بصلة، واعتبرت أنه لا ينبغي للسلطات الدينية أن تكون جهة للتحريض على الحقد والكراهية من خلال مزاعم لا أساس لها. أما ردود فعل الشارع التركي، فكانت متعددة.
وجاء في بيان لوزارة الخارجية: "يتم استدعاء سفيرنا في الفاتيكان محمد باجاجي للعودة إلى تركيا للتشاور"، وذلك بعد أن استدعت أنقرة في وقت سابق مبعوث الفاتيكان للحضور إلى وزارة الخارجية.
كما اتهمت الوزارة البابا "بالانتقائية في النظرة" إلى الحرب العالمية الأولى، "وتجاهل الفظاعات التي عانى منها الأتراك والمسلمون الذين فقدوا حياتهم"، و"التركيز بدلا من ذلك على المسيحيين بشكل عام والأرمن بشكل خاص".
وقالت الوزارة إن تصريحات البابا تعتبر "خروجا خطيرا" عن رسالة السلام والمصالحة التي حملها خلال زيارة التاريخية إلى تركيا في نوفمبر المنصرم.